Sequenciamento do gene spike de SARS-CoV-2, por NGS, raspado respiratório

Orientações aos clientes

I - Informação sobre o exame

Este exame executa o sequenciamento de toda a extensão do gene S (spike) de coronavírus e é capaz de identificar todas as variantes de preocupação em circulação atualmente.

II - Critérios de realização

NECESSÁRIO AGENDAMENTO PRÉVIO.

Clientes menores de 17 anos de idade devem estar acompanhados de um responsável legal para realização do exame.

É necessário que o cliente tenha recebido diagnóstico prévio de infecção por SARS-CoV-2 confirmado laboratorialmente por teste direto (molecular ou de antígeno) nos últimos 15 dias.

Serão aceitas somente amostras de raspado (swab) de nasofaringe combinado ao raspado de orofaringe, com resultado prévio positivo (SARS-CoV-2 detectado).

Para diagnóstico de COVID-19 (fase aguda da doença), o exame recomendado é a RT-PCR em tempo real.

O resultado deste teste é complementar e não substitui o de detecção de SARS-CoV-2 por RT-PCR em tempo real.

Para clientes que tenham realizado o exame de RT-PCR no Grupo Fleury e com resultado positivo, poderão realizar o exame sem a necessidade de uma nova coleta utilizando o material coletado anteriormente, desde que tenha sido realizado nos últimos 15 dias. Neste caso, é necessário entrar em contato com a Central de Atendimento ao Cliente para mais informações.

ATENÇÃO: Este método é possível apenas em amostras com carga viral relativamente alta. Dessa maneira, previamente ao sequenciamento propriamente dito, será realizada uma análise por RT-PCR e, se a carga viral presente for considerada insuficiente para o teste, o mesmo não poderá ser realizado. Essa análise por RT-PCR será realizada mesmo nas amostras que já estiverem armazenadas no laboratório, devido à possibilidade de decaimento da carga viral.

Na impossibilidade de execução do sequenciamento por carga viral insuficiente, será efetuada a devolução parcial do valor que fora pago pela realização do exame. O valor restante, pago pelo teste, está relacionado aos custos com a análise prévia da amostra por RT-PCR, etapa anterior e essencial ao sequenciamento completo do gene.

Orientações necessárias

I - Informação sobre o exame

Este exame executa o sequenciamento de toda a extensão do gene S (spike) de coronavírus e é capaz de identificar todas as variantes de preocupação em circulação atualmente

II - Critérios de realização

NECESSÁRIO AGENDAMENTO PRÉVIO.

Clientes menores de 17 anos de idade devem estar acompanhados de um responsável legal para realização do exame.

É necessário que o cliente tenha recebido diagnóstico prévio de infecção por SARS-CoV-2 confirmado laboratorialmente por teste direto (molecular ou de antígeno) nos últimos 15 dias.

Serão aceitas somente amostras de raspado (swab) de nasofaringe combinado ao raspado de orofaringe, com resultado prévio positivo (SARS-CoV-2 detectado).

Para diagnóstico de COVID-19 (fase aguda da doença), o exame recomendado é a RT-PCR em tempo real.

O resultado deste teste é complementar e não substitui o de detecção de SARS-CoV-2 por RT-PCR em tempo real.

Para clientes que tenham realizado o exame de RT-PCR no Grupo Fleury e com resultado positivo, poderão realizar o exame sem a necessidade de uma nova coleta utilizando o material coletado anteriormente, desde que tenha sido realizado nos últimos 15 dias. Neste caso, é necessário entrar em contato com a Central de Atendimento ao Cliente para mais informações.

ATENÇÃO: Este método é possível apenas em amostras com carga viral relativamente alta. Dessa maneira, previamente ao sequenciamento propriamente dito, será realizada uma análise por RT-PCR e, se a carga viral presente for considerada insuficiente para o teste, o mesmo não poderá ser realizado. Essa análise por RT-PCR será realizada mesmo nas amostras que já estiverem armazenadas no laboratório, devido à possibilidade de decaimento da carga viral.

Na impossibilidade de execução do sequenciamento por carga viral insuficiente, será efetuada a devolução parcial do valor que fora pago pela realização do exame. O valor restante, pago pelo teste, está relacionado aos custos com a análise prévia da amostra por RT-PCR, etapa anterior e essencial ao sequenciamento completo do gene.

Processamento e adequação da amostra

• O material preferencial para este exame é o raspado de nasofaringe combinado ao raspado de orofaringe (raspado de material do trato respiratório).
• Enviar material refrigerado para setor em até 24 horas após a coleta. Para materiais coletados em tempo superior a 24h, congelar. Materiais congelados por tempo superior a 72 horas só poderão ser aceitos se tiverem permanecido a, pelo menos, -70°C por todo o período de armazenamento e durante o transporte.
• As amostras de cada cliente devem ser acondicionadas, cada qual, em um saco plástico.
• Em hipótese alguma amostras de diferentes clientes podem ser acondicionadas em um mesmo saco plástico, uma vez que isso aumenta o risco de contaminação, caso haja um vazamento.

Não serão aceitos frascos vazados ou em temperatura ambiente.

ATENÇÃO: A amostra deverá ser enviada em saco zip vermelho e colocada dentro de um pote plástico com a identificação Amostras Nobres GEN COVID 19NGS.

OBS.: Não é necessário realizar coleta de mais de um local.

RASPADOS: enviar swab acondicionado em tubo contendo solução salina.

Método

Sequenciamento de próxima geração (NGS)

Interpretação e comentários

Este teste pesquisa a presença das mutações mais importantes presentes no gene spike de SARS-CoV-2, relacionadas às variantes de preocupação (VOC) descritas, por sequenciamento de próxima genação (NGS). Não se trata de um teste de sequenciamento completo do genoma viral, uma vez que ele avalia apenas o gene spike do vírus SARS-CoV-2.

Para que o teste possa ser realizado, é essencial que a carga viral na amostra tenha um Ct (cycle threshold) igual ou inferior a 25.