PAINEL SOMÁTICO PARA TUMORES, DO SISTEMA NERVOSO CENTRAL, Vários Materiais

Orientações aos clientes

I - Informações sobre o exame:

• Este exame consiste no sequenciamento completo de 102 genes, regiões hotspot de 11 genes e regiões de fusões de 39 genes principais a partir de amostras de tumor emblocadas em parafina, seguida de análise das variantes genômicas por meio de inteligência artificial e interpretação dos dados clínicos e moleculares realizada por equipe especializada.

O exame tem como finalidade apoiar a orientação diagnóstica de pacientes com tumor de sistema nervoso central, trazendo informações sobre a presença de variantes preditivas de sensibilidade ou resistência a terapias alvo.

O exame pode ser realizado em material obtido a partir de tecidos (blocos de parafina ou lâminas histológicas), sendo indicado na investigação diagnóstica, de doença metastática ou localmente avançada ao diagnóstico ou doença refratária às opções padronizadas de tratamento.

II - Critérios de realização:

• Para a realização deste exame é necessária solicitação médica.
• É imprescindível que seja fornecida cópia do laudo anatomopatológico original da análise do material.
• Poderão ser aceitos os seguintes materiais:
• Fragmentos de tecido fixados em formalina 10% tamponada, embebidos ou não em parafina (enviar em temperatura ambiente);
• Lâminas de corte histológico (enviar em temperatura ambiente)
• Caso sejam enviadas somente lâminas para a análise, são necessárias no mínimo 16 (dezesseis) lâminas em branco (não coradas), não montadas; seção de 5µm de espessura, em porta-lâminas.

ATENÇÃO: Não serão aceitas lâminas com resina ou material fora das condições citadas acima.

• O tecido deve ter sido fixado previamente em formalina tamponada o mais rápido possível após a biópsia ou cirurgia. A fixação deve ser de, no mínimo, seis horas e, no máximo, 72 horas. A adoção de cuidados na coleta e na fixação da amostra garantem o sucesso do teste.
• Caso seja enviado fragmento de tecido sem análise prévia (biópsia), o material deverá ser submetido a exame anatomopatológico (abrir item ANATPATP ou ANATPATPTE) para confirmação do diagnóstico naquela amostra.
• É necessário que a amostra tenha células tumorais não necróticas presentes em quantidade superior a 20%.
• É importante salientar que o material enviado sempre será analisado por um médico patologista antes da realização do exame. Dessa forma, se o material enviado for insuficiente ou inadequado para o teste, o mesmo não poderá ser realizado.

Orientações necessárias

I - Informações sobre o exame:

• Este exame consiste no sequenciamento completo de 102 genes, regiões hotspot de 11 genes e regiões de fusões de 39 genes principais a partir de amostras de tumor emblocadas em parafina, seguida de análise das variantes genômicas por meio de inteligência artificial e interpretação dos dados clínicos e moleculares realizada por equipe especializada.

O exame tem como finalidade apoiar a orientação diagnóstica de pacientes com tumor de sistema nervoso central, trazendo informações sobre a presença de variantes preditivas de sensibilidade ou resistência a terapias alvo.

O exame pode ser realizado em material obtido a partir de tecidos (blocos de parafina ou lâminas histológicas), sendo indicado na investigação diagnóstica, de doença metastática ou localmente avançada ao diagnóstico ou doença refratária às opções padronizadas de tratamento.

II - Critérios de realização:

• Para a realização deste exame é necessária solicitação médica.
• É imprescindível que seja fornecida cópia do laudo anatomopatológico original da análise do material.
• Poderão ser aceitos os seguintes materiais:
• Fragmentos de tecido fixados em formalina 10% tamponada, embebidos ou não em parafina (enviar em temperatura ambiente);
• Lâminas de corte histológico (enviar em temperatura ambiente)
• Caso sejam enviadas somente lâminas para a análise, são necessárias no mínimo 16 (dezesseis) lâminas em branco (não coradas), não montadas; seção de 5µm de espessura, em porta-lâminas.

ATENÇÃO: Não serão aceitas lâminas com resina ou material fora das condições citadas acima.

• O tecido deve ter sido fixado previamente em formalina tamponada o mais rápido possível após a biópsia ou cirurgia. A fixação deve ser de, no mínimo, seis horas e, no máximo, 72 horas. A adoção de cuidados na coleta e na fixação da amostra garantem o sucesso do teste.
• Caso seja enviado fragmento de tecido sem análise prévia (biópsia), o material deverá ser submetido a exame anatomopatológico (abrir item ANATPATP ou ANATPATPTE) para confirmação do diagnóstico naquela amostra.
• É necessário que a amostra tenha células tumorais não necróticas presentes em quantidade superior a 20%.
• É importante salientar que o material enviado sempre será analisado por um médico patologista antes da realização do exame. Dessa forma, se o material enviado for insuficiente ou inadequado para o teste, o mesmo não poderá ser realizado.

Processamento e adequação da amostra

• Enviar o material (lâminas, material fresco ou blocos de parafina) à Seção de Anatomia patológica junto com cópia do laudo anatomopatológico original (quando o material não tiver sido analisado no Fleury) em temperatura ambiente.

Método

As amostras tumorais fixadas serão avaliadas por médico patologista que fará a seleção da área tumoral representativa. Dez seções de cada tumor serão utilizadas para a extração do DNA e de RNA. O protocolo segue um preparo inicial para a fragmentação das moléculas de DNA e inserção de adaptadores com indexes únicos e um outro preparo individualizado para a inserção de adaptadores com indexes distintos para as moléculas de RNA. Em seguida, as moléculas de DNA e RNA são misturadas para a realização da etapa de enriquecimento das regiões de interesse por captura híbrida. A captura de toda a região codificante de 102 genes, regiões hotspot de 11 genes e regiões de fusões de 39 genes principais é realizada por meio de um painel customizado e, em seguida, sequenciada simultaneamente no equipamento NextSeq500 ou NovaSeq6000 (Illumina). Os dados do sequenciamento são processados em um pipeline de bioinformática desenvolvido e validado internamente. As variantes identificadas e filtradas nesse pipeline passam por uma anotação gênica que utiliza a inteligência artificial Franklin by GENOOX. Os resultados de cada caso são discutidos individualmente por uma equipe multidisciplinar composta por médicos patologistas moleculares, geneticistas e equipe técnico-científica para a confecção do laudo.

Valor de referência

• O resultado será acompanhado de um relatório interpretativo

Interpretação e comentários

A avaliação de mutações em tumores do sistema nervoso central permite a identificação de variantes preditivas de sensibilidade ou resistência a terapias-alvo, bem como direcionadoras de diagnóstico e prognóstico. O teste avalia simultaneamente 113 genes do genoma e regiões de fusões de 39 genes principais, por meio do sequenciamento de nova geração. São avaliadas as seguintes alterações:

• alterações de nucleotídeo único (SNVs),
• pequenas inserções e deleções (INDELS)
• grandes amplificações e perdas gênicas (CNVs)
• fusões gênicas

Os resultados são acompanhados por um laudo interpretativo, com dados que incluem as mutações identificadas, as associações terapêuticas descritas e potenciais ensaios clínicos.

Lista dos 113 genes avaliados:

ACVR1 (exóns 4 ao 7); AKL; AKT1; AKT2; AKT3; APC; ARID1A; ATM; ATRX; BAP1; BCOR (exóns 8 ao 15); BRAF; BRCA2; CDK4; CDK6; CDKN2A; CDKN2B; CHEK2 (exóns 10 ao 15); CIC; CTNNB1 (exóns 2 e 3 ); CTTNB1; CYSLTR2; DAXX; DDX3X; DICER1; DNMT3A; EGFR; EIF1AX; EZH2; FGFR1 (exóns 9 ao 15); FGFR2; FGFR3; FOXR2; FUBP1; GAB1; GLI1; GLI2; GNA11; GNAQ; H3F3A (exóns 1 ao 3); HIST1H3A; HIST1H3C; IDH1 (exón 4); IDH2 (exón 4); IST1H3B; JAK2; KBTBD4; KDM5A; KDM5C; KDM6A; KLF4; KMT2B; KMT2C (exóns 7 ao 9 e 19 ao 21); KMT2D; KRAS (exóns 2 e 3); LRP1B; LZTR1; MDM2; MET; MLH1; MN1; MSH2; MSH3; MSH6; MYB; MYBL1; MYC; MYCN; NF1; NF2; NOTCH1; NOTCH2; NRAS (exóns 2 ao 4).; PALB2; PARP1; PDGFRA; PIK3C2B; PIK3CA; PIK3R1; PIK3R2; PLCB4; POLE; POT1; PPM1D; PRKCA; PTCH1; PTCH2; PTEN; PTPN11; PTPRD; QKI; RB1; RELA; ROS; SETD2; SF3B1; SMARCA4; SMARCB1; SMARCE1; SMO; STAG2; STAT3; SUFU; TCF12; TERT; TET1; TET2; TP53; TRAF7; TSC1; TSC2; VHL; WT1.

Lista dos 39 genes principais para análise de fusões

ALK; BCOR; BRAF; CIC; DDX31; EGFR; ESR1; EWSR1; FGFR1; FGFR2; FGFR3; FOXR2; HEY1; KANSL1; MAML2; MET; MN1; MYB; MYBL1; MYC; NAB2; NF1; NOTCH1; NTRK1; NTRK2; NTRK3; PLAGL1; PDGFRA; PKD1; PRKCA; PTPRZ1; PVT1; RAF1; RECK; RELA; ROS1; RPL36; ST6GAL1; YAP1.

As fusões envolvendo os 39 genes principais podem ocorrer com diferentes genes parceiros. Abaixo encontra-se a lista dos 170 genes parceiros:

AGK; AFAP1; AGBL4; AHCYL1; AKAP13; AKAP9; AMBRA1; ARL17A; ATF1; ATG7; BAIAP2L1; BCAN; BCL6; BCR; BEND2; BEND5; BICC1; BTBD1; C10orf118; C11orf95; C7orf72; C8orf34; CAPRIN1; CAPZA2; CCDC6; CCDC88A; CD74; CEP85L; CHIC2; CLCN6; CLIP1; CLIP2; CNTNAP3; CREB1; CREB3L1; CREBBP; CTNNA3; DANCR; DIP2C; DUX4; EIF3K; ELAVL3; EML4; EP300; EPHB2; ERG; ETV1; ETV4; ETV6; FAM118B; FAM131B; FBXO28; FIP1L1; FLI1; FN1; FOXO1; FOXO4; FRK; FXR1; FYCO1; GFI1B; GIT2; GKAP1; GNAI1; GOPC; GPR37L1; GRID2; GTF2I; HMGA2; IRF2BP2; JMJD1C; JPX; KDR; KIAA1549; KIAA1598; KIF5C; KLHL7; KRT8; L3MBTL2; LAP3; LEUTX; LMNA; LMO1; LNX1; LOXL2; MACF1; MACROD2; MAMLD1; MAN1A1; MIR512; MKRN1; MMP16; MRE11A; NACC2; NAV1; NCAPH2; NCOA2; NDRG1; NFASC; NFIA; NOS1AP; NRF1; NUTM1; NUTM2A; OFD1; OGDH; P2RY8; PAICS; PAN3; PATZ1; PCDHGA1; PCSK5; PDGFRB; PEAK1; PKHD1; PLAG1; PPHLN1; PPP1CB; PRKAR2A; PRKAR2B; PYGO1; QKI; RAB11FIP4; RBPMS; RHOT1; RNF130; SART3; SCFD2; SDCCAG3; SEC61G; SEPT14; SLC44A1; SLIT1; SLMAP; SPDYE4; SPECC1L; SQSTM1; SRGAP3; ST7; STAT6; TACC1; TACC3; TEAD3; TFG; TG; TMEM106B; TMEM165; TP53; TP63; TPM3; TPM4; TPR; TRAF2; TRIM22; TRIM24; TRIM63; TRMT61B; TTYH1; UBE2J2; USP46; USP8; VCL; VSTM2A; WHSC1; WT1; ZCCHC8; ZNF135; ZNF710; ZNF84; ZSCAN30.