Painel Glioblastoma Metilação do Promotor do gene, MGMT, bloco de parafina

Orientações aos clientes

Não é necessário preparo para este exame.

Orientações necessárias

Não é necessário preparo para este exame.

Processamento e adequação da amostra

• Encaminhar à seção de Anatomia Patológica o material enviado ou o bloco de parafina juntamente com a solicitação médica e a cópia do laudo original (quando o material não tiver sido analisado no Fleury) em temperatura ambiente.

Método

Sequenciamento de mutações acionáveis nos genes IDH1 e IDH2:

O teste é realizado por sequenciamento massivo paralelo de próxima geração (NGS) e permite detectar alterações pontuais de base única ou pequenas deleções e inserções. Para este teste as sequências obtidas são comparadas com a sequência de referência IDH1 NM 001282386 e IDH2 NM002168.

O teste é realizado a partir do DNA genômico extraído da amostra do tumor do paciente. O DNA é utilizado em uma reação de amplificação (PCR multiplex) de amplicons de interesse. O produto desta amplificação é sequenciado na plataforma lon Torrent e os dados são analisados pelo programa Torrent Suite Software e CLC Genomics Workbench. São relatadas variantes com frequência de 2 %. A sensibilidade em detectar mutação depende da quantidade de células tumorais no tecido analisado e da cobertura de sequenciamento.

Sequenciamento de quatro sítios CpGs no promotor do gene MGMT: Este teste permite detectar alterações no padrão de metilação no promotor do gene MGMT. O teste é realizado a parti do DNA genômico extraído da amostra do tumor do paciente. O DNA é convertido em dissolvido com bissulfito utilizando o kit Epi Tect Bisulfite( Qiagen), e posteriormente utilizado uma reação de amplificação (PCR) do amplicon de interesse. O produto desta amplificação engloba quatro sítios CpGs da região promotora do gene MGMT. O produto é sequenciado utilizando a técnica de Pirosequanciamento realizado no equipamento PyroMarkQ24®(Qiagen) e os dados são analisados pelo programa PyroMark

Q24 Software.

Valor de referência

Valor de referência para esse caso não se aplica.

Interpretação e comentários

Interpretação do teste de metilação do promotor de gene MGMT

O teste pode ser classificado em duas categorias:

• "Ausência de metilação " - quando a média dos valores de metilação dos 4 CpGs analisados está abaixo de 5%
• "Presença de metilação " - quando a média dos valores de metilação dos CpGs analisados está a partir de 5%. Essa categoria é subdividida em três níveis - baixo (5 a 10%), intermediaria (11 a 24%) e alto (acima de 25%)